1869（明治2) 年に設置され、82年まで北海道・千島・樺太（1875年まで）を管轄した開拓使の文書。札幌本庁文書・各支庁の文書・東京出張所文書などに大別されます。
なお、樺太開拓使の文書、開拓使廃止後大蔵省内に設置された旧開拓使残務整理委員の文書も、便宜上開拓使文書に含めています。 8,000 点余（ 複製を含む）。
このうち、当館所蔵の原本資料7,832点（箱館府文書を含む）が、平成26年8月21日に国の重要文化財に指定されています。→ 重要文化財・開拓使文書
開拓使文書については、『北海道立文書館所蔵資料目録10 ～ 19』を刊行しています。同目録に収録された開拓使文書に目録刊行後に新たに収集・整理されたものを補い、概ね同目録掲載順にご覧いただけるページを作成しましたので、ご利用ください。
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札幌本庁文書
明治5年設置の開拓使札幌本庁が作成した文書。前身の札幌開拓使庁文書をも含みます。
2600点（一部複製：市立函館図書館、札幌学院大学図書館、鶴岡市立図書館郷土室、北海道大学附属図書館で原本所蔵）
開拓使裁録 開拓使公文録 御巡幸雑書類 部類抄録 勧業課公文録 東京・各支庁・郡役所文移録 院省文移録 地誌提要 駅逓文移録 外国人条約書など
函館支庁文書
明治5年設置の開拓使函館支庁の文書。前身の函館開拓使出張所・函館出張開拓使庁文書をも含みます。
3080点（一部複製：大蔵省函館税関、市立函館図書館、函館地方裁判所、札幌学院大学、鶴岡市立図書館郷土室、国文学研究資料館、北海道大学附属図書館で原本所蔵）
外国人ニ関スル件 各国官吏文通録 御巡幸書類 口書留 地租創定取調書類 官地売貸願書 屯田予備兵召募関係書類 函館港来翰など
根室支庁文書
明治5年設置の開拓使根室支庁の文書。前身の根室開拓使出張所・根室出張開拓使庁の文書をも含みます。
350点（一部複製：鶴岡市立図書館郷土室で原本所蔵）
千島州到来状 海産干場願書 漁場評価調書など
東京出張所文書
明治3年設置の開拓使東京出張所の文書。
894点（一部複製：市立函館図書館、鶴岡市立図書館郷土室、札幌学院大学図書館、北海道大学附属図書館、国文学研究資料館で原本所蔵）
進退録 官員明細書 諸省文移録 内国勧業博覧会出品目録 缶詰類集 麦酒書類など
樺太支庁文書
明治3年から8年までの間設置された、開拓使樺太支庁の文書。
130点（一部複製：市立函館図書館、札幌学院大学図書館で原本所蔵）
魯西亜使節書翰和解 樺太雑書綴込 土人人別調書 寄留人員帳 樺太支庁簿書抄録など
小樽仮役所文書
明治3年に設置され、翌年札幌開拓使庁に引継がれた小樽仮役所の文書。
23点（一部複製：市立函館図書館で原本所蔵）
歌棄郡引渡書類 石狩郡諸調 兵部省分引継書類など
浦河支庁文書
明治5年に設置され日高・十勝二国を管轄し、7年に札幌本庁に吸収引継された、浦河支庁の文書。
13点（一部複製：国文学研究資料館、市立函館図書館で原本所蔵）
官員明細書 各郡往復留 本庁往復留など
旧開拓使残務整理委員文書
明治15年、開拓使の廃止を受け、残務整理を行うために大蔵省内に設置された、旧開拓使残務整理委員の文書。会計関係文書が大半を占めています。
800点（一部複製：国文学研究資料館、市立函館図書館で原本所蔵）
旧開拓使会計書類 事業報告取調書 病院興廃文移録など
